Das wissenschaftliche Konzept der NAKO wurde durch das Epidemiologische Planungskomitee und das Projektmanagement-Team, auf der Basis intensiver Vorarbeiten durch die Thematischen Arbeitsgruppen und externe Experten, ausgearbeitet. Es wurde im Februar 2011 erstmals beim Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) zur Begutachtung eingereicht. Die erste Begutachtung durch ein internationales Gremium erfolgte im April 2011. Alle wesentlichen Eckpunkte der Studie wurden von den Gutachtern sehr positiv bewertet. Im weiteren Verlauf wurde das wissenschaftliche Konzept im Rahmen von Machbarkeitsstudien (Pretests) und anhand von weiteren Gutachterempfehlungen (weitere internationale Begutachtungen durch das BMBF 2012, 2013) sukzessive überarbeitet.

Ein erster Überblick des wissenschaftlichen Konzeptes der NAKO wurde am 20. Mai 2014 im European Journal of Epidemiology publiziert.